แมสสเปคโทรเมทรี (Mass Spectrometry, MS) เป็นเทคนิคทางเคมีวิเคราะห์ที่สำคัญที่มีการประยุกต์ใช้ในทางเภสัชกรรมอย่างกว้างขวางสำหรับการตรวจวิเคราะห์ทั้งเชิงคุณภาพและเชิงปริมาณ เนื่องจากเป็นเครื่องมือที่มีความไวและความจำเพาะสูง ซึ่งแมสสเปคโทรเมทรีมีกระบวนการเริ่มต้นจากการทำสารตัวอย่างให้อยู่ในรูปของอนุภาคที่มีประจุ จากนั้นจะถูกส่งเข้าเครื่องวิเคราะห์มวลที่สามารถตรวจวัดมวลโมเลกุลของสารได้โดยอาศัยหลักอัตราส่วนมวลต่อประจุ หรือ m/z นอกเหนือจากข้อมูลมวลโมเลกุลแล้ว แมสสเปคโทรเมทรียังสามารถให้ข้อมูลโครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ผ่านการแตกเป็นส่วนย่อย ซึ่งจะเป็นประโยชน์สำหรับการศึกษาเชิงโครงสร้างในสารที่หลากหลาย (เช่น โมเลกุลขนาดเล็กและเปปไทด์) ในด้านการวิเคราะห์เชิงปริมาณแมสสเปคโทรมิเตอร์สามารถใช้ตรวจหาความเข้มข้นของสารตัวอย่างที่ต้องการวิเคราะห์ โดยศึกษาจากความสัมพันธ์ที่เป็นสัดส่วนโดยตรงกันระหว่างความเข้มของสัญญาณในแมสสเปคตรัมและความเข้มข้นของสารตัวอย่าง จากคุณสมบัติข้างต้นรวมทั้งความแม่นยำสูงในการตรวจวัด ส่งผลให้เทคนิคแมสสเปกโทรเมทรีถูกนำมาใช้เป็นเครื่องตรวจจับสำหรับเทคนิคโครมาโทกราฟี เช่น LC-MS และ GC-MS ปัจจุบันการปรับปรุงพัฒนาเทคโนโลยีที่ใช้ร่วมกันนี้เป็นประโยชน์อย่างยิ่งต่อการวิเคราะห์เมทาบอไลท์ของยา สารปนเปื้อนและการเสื่อมสลายของผลิตภัณฑ์ยา